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NVIDIA Home > Índice de productos > Soluciones de computación de alto rendimiento > UGENE en las GPUs Tesla
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UGENE en las GPUs Tesla
Unipro UGENE es un paquete de bioinformática gratuito, multiplataforma y flexible que integra en una sola interfaz de usuario numerosas herramientas de software utilizadas habitualmente en biología. Una de sus particularidades es que emplea las modernas GPUs NVIDIA Tesla para optimizar las rutinas de cálculo y proporcionar así el máximo rendimiento posible. Incluye una implementación del algoritmo de Smith-Waterman acelerado en CUDA y una rápida herramienta de alineación de secuencias de ADN cortas optimizada para las GPUs CUDA.
Descarga e instalación
- Descargar Unipro UGENE
- Funciona en MS Windows, Linux y Mac OS X
- Incluye una implementación del algoritmo de Smith-Waterman acelerado en CUDA y una herramienta de alineación de secuencias de ADN cortas.
- Manual de uso de UGENE (instalación y documentación)
Datos de rendimiento
El algoritmo de Smith-Waterman acelerado en CUDA es 9 veces más rápido que su implementación paralela (como se entrega en el paquete UGENE) y 40 veces más rápido que la implementación clásica. Toda la información al respecto se encuentra en la página de pruebas de rendimiento de UGENE.
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Artículos técnicos y presentaciones
- Informe técnico: “Utilización de la GPGPU para acelerar la alineación de secuencias de ADN cortas en el proyecto Unipro UGENE”
- Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU
Foros de discusión
Entrevistas / Vídeos
- Podcast sobre UGENE: Alineación local de secuencias con el algoritmo de Smith-Waterman
SOLUCIONES BASADAS EN LA GPU
Las aplicaciones de Tesla Bio Workbench pueden implantarse en superordenadores personales de sobremesa o en centros de procesamiento de datos. Son soluciones basadas en la arquitectura de cálculo paralelo masivo CUDA y han sido diseñadas para acelerar el avance de las ciencias computacionales.
CONFIGURACIÓN DE HARDWARE RECOMENDADA
| Configuración para sistema de sobremesa | Configuración para CPD |
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