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CUDASW++ en las GPUs Tesla

CUDASW++ es un software de bioinformática que busca secuencias de proteínas en bases de datos utilizando el algoritmo Smith-Waterman y utiliza la gran capacidad de cálculo paralelo CUDA de las GPUs NVIDIA Tesla para realizar las búsquedas entre 10 y 50 veces más rápido que NCBI BLAST. CUDASW++ permite realizar consultas con longitudes de hasta 59000.

Descarga e instalación

• Descarga de CUDASW++
• Notas de la versión de CUDASW++ (instalación, guía de uso)

Datos de rendimiento

CUDASW++ utiliza la capacidad de múltiples GPUs Tesla para ejecutarse entre 10 y 50 veces más rápido que NCBI BLAST, lo que representa hasta 30 GCUPs en consultas de longitud superior a 5000. BLAST es un algoritmo heurístico, mientras que CUDASW++ realiza una alineación local óptima utilizando el algoritmo de Smith-Waterman.

Artículos técnicos

• "CUDASW++: optimización de la búsqueda de secuencias mediante el algoritmo Smith-Waterman para unidades de procesamiento gráfico basadas en CUDA, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
• Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU

Foros de discusión

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