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MUMmerGPU en las GPUs Tesla

MUMmerGPU es un software de bioinformática diseñado para alinear secuencias a alta velocidad utilizando la GPU. Acelera la alineación de múltiples secuencias genómicas comparándolas con una sola secuencia de referencia, para lo cual aprovecha la gran capacidad de cálculo paralelo CUDA de las GPUs NVIDIA Tesla.

Descarga e instalación

• Descarga de MUMmerGPU
• Las instrucciones de instalación se incluyen en la descarga del software.

Datos de rendimiento

MUMmerGPU (versión 2.0) se ejecuta entre 3 y 4 veces más rápido que la versión para CPU. Los datos que aparecen en el gráfico se basan en la versión 1.0 de MUMmerGPU y se actualizarán en breve.

Datos cedidos por cortesía de la Universidad de Maryland

Artículos técnicos y presentaciones

• "Alineación de secuencias a alta velocidad utilizando unidades de procesamiento gráfico", M. Schatz et al.: BMC Bioinformatics 2007
• "Optimización de cálculos a gran escala en la GPGPU para la alineación de secuencias de ADN", C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Aug 2009
• Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU

Foros de discusión

• Comunidades de GPU computing en GPUcomputing.net

Las encontrará en forma de superordenador personal de sobremesa, capaz de mejorar el rendimiento de un cluster de CPUs de 32 nodos, o en forma de cluster, que puede superar el rendimiento de una supercomputadora convencional por una décima parte de su precio y una vigésima parte de su consumo de energía. Son soluciones basadas en la revolucionaria arquitectura CUDA y han sido diseñadas para acelerar el avance de las ciencias computacionales.

CONFIGURACIÓN DE HARDWARE RECOMENDADA

Configuración para sistema de sobremesa	Configuración para CPD
GPUs 1 GPU de cálculo Tesla C1060 (de momento, la versión de MUMmer para CUDA sólo admite una GPU) CPU y memoria principal CPU x86 de 2,33 GHz Más de 8 GB de memoria (4 GB por GPU Tesla C1060)	No aplicable (la versión de MUMmer para CUDA aún no está preparada para MPI)

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