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CUDA-MEME en las GPUs Tesla

CUDA-MEME es un software de búsqueda de motivos nucleotídicos basado en MEME (versión 3.5.4). Acelera las herramientas de MEME aprovechado la arquitectura de cálculo paralelo CUDA incluida en las GPUs NVIDIA Tesla.

Descarga e instalación

• Descarga de CUDA-MEME
• Las instrucciones de instalación y la guía de uso se incluyen en la descarga del software.

Datos de rendimiento

CUDA-MEME ejecutado en una GPU Tesla C1060 es hasta 23 veces más rápido que el mismo software ejecutado en una CPU x86. Esto reduce el tiempo de cálculo de horas a minutos al pasar de la CPU a la GPU. Los datos del gráfico corresponden al modelo OOPS (una presencia por secuencia) con 4 conjuntos de datos.

Artículos técnicos

• "CUDA-MEME: aceleración de la búsqueda de motivos en biosecuencias utilizando unidades de procesamiento gráfico basadas en CUDA, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, octubre de 2009
• "GPU-MEME: uso de hardware de gráficos para acelerar la búsqueda de motivos en secuencias de ADN, C. Chen et al, Lecture Notes in Computer Science, Volumen 5265, 2008
• Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU

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Las encontrará en forma de superordenador personal de sobremesa, capaz de mejorar el rendimiento de un cluster de CPUs de 32 nodos, o en forma de cluster, que puede superar el rendimiento de una supercomputadora convencional por una décima parte de su precio y una vigésima parte de su consumo de energía. Son soluciones basadas en la revolucionaria arquitectura CUDA y han sido diseñadas para acelerar el avance de las ciencias computacionales.

CONFIGURACIÓN DE HARDWARE RECOMENDADA

Configuración para sistema de sobremesa	Configuración para CPD
GPUs 1 GPU de cálculo Tesla C1060 (de momento, la versión de MEME para CUDA sólo admite una GPU) CPU y memoria principal CPU x86 de 2,33 GHz Más de 8 GB de memoria (4 GB por GPU Tesla C1060)	No aplicable (la versión de MEME para CUDA aún no está preparada para MPI)

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