Tesla y la BIOCIENCIA

HOOMD en las GPUs Tesla

 

HOOMD-blue es un paquete de dinámica de partículas de propósito general enteramente escrito para aprovechar la revolucionaria arquitectura CUDA de las GPUs NVIDIA. Contiene una amplia variedad de campos de fuerza e integradores diferentes y su diseño orientado a objetos permite agregar otros nuevos con facilidad.

Descarga e instalación

Datos de rendimiento

La página web de HOOMD-blue contiene pruebas de rendimiento detalladas. Una GPU Tesla puede superar el rendimiento de 32 núcleos de CPU al ejecutar HOOMD-blue.

HOOMD on GPUs vs LAMMPS on 32 CPU cores
Datos cedidos por cortesía de la Universidad de Michigan

Presentaciones

Entrevistas / Vídeos

Casos de estudio

  • NCSA, noviembre de 2009: las GPUs del cluster Lincoln del NCSA (centro nacional de aplicaciones de supercomputación) aceleran las simulaciones de dinámica molecular utilizadas para el desarrollo de nuevos detergentes y fármacos

Foros de discusión

Soluciones basadas en la GPU

Las encontrará en forma de superordenador personal de sobremesa, capaz de mejorar el rendimiento de un cluster de CPUs de 32 nodos, o en forma de cluster, que puede superar el rendimiento de una supercomputadora convencional por una décima parte de su precio y una vigésima parte de su consumo de energía. Son soluciones basadas en la revolucionaria arquitectura CUDA y han sido diseñadas para acelerar el avance de las ciencias computacionales.

CONFIGURACIÓN DE HARDWARE RECOMENDADA

Configuración para sistema de sobremesa Configuración para CPD
  • GPUs
    • 1 GPU de cálculo Tesla C1060 (de momento, la versión de HOOMD para CUDA sólo admite una GPU)
  • CPU y memoria principal
    • CPU x86 de 2,33 GHz
    • Más de 16 GB de memoria (4 GB por GPU Tesla C1060)
  • No aplicable (la versión de HOOMD para CUDA aún no está preparada para MPI)

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