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GPU-HMMER en las GPUs Tesla
GPU-HMMER es un software de bioinformática que aprovecha la gran capacidad de cálculo paralelo de las GPUs NVIDIA Tesla para acelerar la alineación de secuencias de proteínas utilizando perfiles basados en el modelo HMM (modelo oculto de Markov). GPU-HMMER es entre 60 y 100 veces más rápido que HMMER (2.0).
Descarga e instalación
Datos de rendimiento
GPU-HMMER acelera la herramienta hmmsearch utilizando las GPUs y consigue incrementar la velocidad de cálculo entre 60 y 100 veces. GPU-HMMER aprovecha la presencia de múltiples GPUs Tesla en una estación de trabajo para reducir el tiempo de búsqueda de horas (en la CPU) a minutos (en la GPU).
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Artículos técnicos
- "Evaluación del uso de la GPU en la segmentación de imágenes del hígado y la búsqueda en bases de datos HMMER, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli, and V. Chaudhary: International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), 2009
- Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU
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