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GROMACS en las GPUs Tesla
GROMACS es un paquete de dinámica molecular diseñado para la simulación de moléculas bioquímicas tales como las proteínas, los lípidos y los ácidos nucleicos, en las que se producen montones de interacciones complejas. Ya está disponible una versión beta del puerto CUDA de GROMACS que posibilita la aceleración en la GPU e incluye el método Particle-Mesh-Ewald (PME), formas arbitrarias de interacciones no enlazadas y modelos de solvente implícito del tipo Born Generalizado.
Descarga e instalación
Datos de rendimiento
La actual versión CUDA de GROMACS sólo admite una GPU y produce los siguientes resultados:
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| Datos cedidos por cortesía del Centro de Investigación de Biomembranas de Estocolmo |
Artículos técnicos
- M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
- Para obtener más información sobre la aceleración de aplicaciones de dinámica molecular con CUDA, visite la página de dinámica molecular.
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Las encontrará en forma de superordenador personal de sobremesa, capaz de mejorar el rendimiento de un cluster de CPUs de 32 nodos, o en forma de cluster, que puede superar el rendimiento de una supercomputadora convencional por una décima parte de su precio y una vigésima parte de su consumo de energía. Son soluciones basadas en la revolucionaria arquitectura CUDA y han sido diseñadas para acelerar el avance de las ciencias computacionales.
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