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CUDA-BLASTP en las GPUs Tesla
CUDA-BLASTP se ha diseñado para acelerar la búsqueda de secuencias de proteínas en bases de datos con NCBI BLAST. Para ello aprovecha la arquitectura de cálculo paralelo masivo CUDA contenida en las GPUs NVIDIA Tesla. Incluye también una utilidad para convertir bases de datos con formato FASTA en archivos legibles por CUDA-BLASTP.
Descarga e instalación
- Descarga de CUDA-BLASTP
- Readme de CUDA-BLASTP (instalación, guía de uso)
Datos de rendimiento
CUDA-BLASTP ejecutado en una estación de trabajo con dos GPUs Tesla C1060 proporciona 10 más velocidad que NCBI BLAST (2.2.22) ejecutado en una CPU Intel i7-920. Esto reduce el tiempo de cálculo de minutos a segundos al pasar de la CPU a la GPU.
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Artículos técnicos
- La Universidad Tecnológica de Nanyang, en Singapur, está elaborando un informe técnico sobre CUDA-BLASTP que estará disponible en breve.
- Más publicaciones sobre la aceleración de aplicaciones de bioinformática en la GPU
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