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Un nuevo secuenciador se acerca al objetivo de descifrar el genoma por menos de 1000 dólares gracias a las GPU NVIDIA Tesla

El sistema Ion Proton de Life Technlogies facilita la secuenciación del genoma a científicos e investigadores de todo el mundo

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Secuenciador Ion Proton™ de Life Technologies, acelerado con las GPU NVIDIA Tesla (imagen por gentileza de Life Technologies)
Secuenciador Ion Proton™ de Life Technologies, acelerado con las GPU NVIDIA Tesla (imagen por gentileza de Life Technologies)

SANTA CLARA, California—31 de octubre dede 2012—Las GPU aceleradoras NVIDIA® Tesla® están ayudando al sistema Ion Proton™ de Life Technologies Corporation a multiplicar por 16 la velocidad del análisis primario de las secuencias genómicas (los cálculos que generan los pares de bases de ADN).Esto hará disminuir el coste de secuenciar un genoma humano completo de los 1000 millones de dólares de hace una década a los 1000 dólares en un futuro cercano.

Alan Williams, vicepresidente de software e ingeniería de la unidad Ion Torrent de Life Technologies Corporation, habla de este nuevo logro: “La aceleración en la GPU y otras funciones avanzadas del sistema Ion Proton permitirán a todos los laboratorios del mundo obtener y aprovechar la información genómica de una forma rápida y sencilla sin necesidad de hacer grandes inversiones en TI.Esperamos que esta democratización de la secuenciación del genoma dé lugar a avances sin precedentes en biociencia e investigación clínica”.

La tecnología de Ion Proton se basa en el rápido aumento de la velocidad, la precisión y la longitud de las lecturas conseguido con el secuenciador Ion Personal Genome Machine® (PGM™) de Life Technologies, que también utiliza las GPU para acelerar el análisis primario.Gracias a su excepcional velocidad, éste fue el primer secuenciador en descodificar la cepa de la bacteria E. coli que provocó el brote epidémico en Alemania en 2011.

El sistema Ion Proton establece un nuevo estándar de rendimiento, facilidad de uso y reducción de costes que permite a los investigadores pasar rápidamente de la secuenciación mediante multiplexación de muestras a la secuenciación del genoma completo en una misma plataforma.Teniendo en cuenta que cuesta una quinta parte de los sistemas de secuenciación basados en procesos luminiscentes, puede ahorrar a los investigadores cientos de miles de dólares.

Para Sumit Gupta, director general de la división de cálculo acelerado en procesadores Tesla de NVIDIA, “La aceleración en la GPU ya está presente en todos los campos de la computación aplicada a la biociencia y será clave para impulsar nuevos descubrimientos científicos.El ritmo de las investigaciones se ha acelerado enormemente gracias al uso de las GPU en multitud de disciplinas que abarcan desde la secuenciación del ADN y el análisis de las secuencias hasta la modelización molecular o el diagnóstico por imágenes”.

GPU NVIDIA Tesla
Las GPU Tesla son aceleradores computacionales basados en el modelo de programación y la plataforma de procesamiento paralelo NVIDIA CUDA®. Están diseñadas para realizar tareas de alta computación, cálculo científico y supercomputación con gran eficiencia energética, y ofrecen una aceleración muy superior a la de los sistemas basados exclusivamente en la CPU para una gran variedad de aplicaciones científicas y comerciales.

Si desea obtener más información sobre las GPU NVIDIA Tesla, visite las páginas web de Tesla. Para ver información detallada sobre CUDA o descargar la última versión de la plataforma, visite la web de CUDA. En la sala de prensa de NVIDIA puede encontrar los últimos comunicados de prensa, información sobre la compañía y sus productos, así como vídeos/imágenes y otra información sobre NVIDIA. También puede seguirnos en Twitter (@NVIDIATesla).

NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) mostró al mundo las posibilidades del chip de gráficos con la invención de la GPU en 1999. Hoy, sus procesadores son la base de una gran variedad de productos que abarcan desde smart phones a superordenadores. Los procesadores NVIDIA para móviles se utilizan en teléfonos celulares y tablets, y en los sistemas de infoocio de los vehículos. Los aficionados a los juegos de PC utilizan las GPU para dar vida a mundos espectaculares. Los profesionales las utilizan para crear efectos visuales en las películas y realizar todo tipo de diseños, desde palos de golf hasta grandes aviones comerciales. Por último, los investigadores aprovechan la potencia de la GPU para impulsar el avance de la ciencia a través de sistemas de alta computación. La compañía es propietaria de más de 5000 patentes en todo el mundo, algunas de las cuales proporcionan diseños y conceptos esenciales para la informática actual. Para obtener más información, entre en www.nvidia.es.

Algunas afirmaciones hechas en esta nota de prensa, incluidas (aunque no de forma exclusiva) las que se refieren a: las ventajas y el impacto de las GPU NVIDIA Tesla, así como las repercusiones de las patentes de la compañía en la informática moderna, son expectativas de futuro sujetas a riesgos e incertidumbres que podrían materializarse de forma distinta a lo esperado. Entre los factores que podrían provocar unos resultados distintos a los esperados se incluyen: la situación de la economía mundial, nuestra dependencia de otras empresas para fabricar, ensamblar, empaquetar y probar nuestros productos, los efectos del desarrollo tecnológico y la competencia, el desarrollo de nuevos productos o tecnologías, o la mejora de nuestros productos y tecnologías, la aceptación de nuestros productos o los de nuestros partners por parte del mercado, los posibles defectos de diseño, fabricación o software, los cambios en la demanda y las preferencias del mercado, los cambios de las interfaces y los estándares del sector, la pérdida inesperada de rendimiento de nuestros productos o tecnologías al integrarse en los sistemas y otros factores publicados de forma regular por NVIDIA en informes (como el modelo 10-Q) que se hallan en poder de la comisión del mercado de valores de Estados Unidos (Securities and Exchange Commission). Las copias de tales informes están disponibles en las páginas web de NVIDIA y pueden consultarse sin coste alguno. Las afirmaciones aquí realizadas no garantizan resultados futuros y sólo tienen vigencia a fecha de hoy. Salvo que la ley disponga lo contrario, NVIDIA no tiene obligación alguna de actualizarlas para reflejar acontecimientos o circunstancias que puedan producirse en el futuro.

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