Dinámica molecular

Las aplicaciones de dinámica molecular son particularmente aptas para la arquitectura de procesamiento paralelo masivo de las GPUs NVIDIA. En los gráficos siguientes, se destaca el trabajo realizado sobre VMD y otras aplicaciones de dinámica molecular como NAMD y HOOMD.

La aparición de NVIDIA Tesla Bio Workbench proporciona a biofísicos y químicos computacionales las herramientas necesarias para abrir nuevas fronteras en la investigación bioquímica, optimizar los flujos de trabajo y acelerar el ritmo de la investigación científica. Más información.

Simulaciones basadas en los métodos Born Generalizado de AMBER San Diego Supercomputing Center	Ampliación del rendimiento de NAMD en un clúster de GPUs Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

* Accelerazione prevista su un sistema basato su CPU x64 quad-core. Accelerazioni indicate sulla base delle prove interne di NVIDIA o della documentazione fornita dal provider dell’applicazione.

Descarga de aplicaciones de dinámica molecular para CUDA

• Información sobre la aceleración de VMD en la GPU
• NAMD 2.7 Beta 2 con aceleración CUDA
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
• MDGPU
• LAMMPS para GPU
• GPUGrid.net
• Librería OpenMM para acelerar aplicaciones de dinámica molecular en la GPU
• GROMACS con OpenMM
• Paquete de dinámica biomolecular ACEMD
• Puerto CUDA de AMBER
• BigDFT: código de estructuras electrónicas basado en DFT (Teoría del funcional de la densidad) -- Artículo en PDF
• TeraChem: primer código de química cuántica escrito enteramente para GPUs CUDA

Publicaciones técnicas sobre dinámica molecular computacional basada en CUDA

• VASP más rápida: Cálculos de estructura electrónica de plano-onda más rápidos con unidades de procesamiento gráfico
• Supercomputing 2008: Tutorial de CUDA para NAMD y VMD
• Publicaciones de NAMD y VMD
• Implementación del método PME (Particle-Mesh Ewald) en la GPU
• Aceleración de simulaciones de dinámica molecular en AMBER mediante la GPU
• Publicaciones sobre HOOMD
• Microscopia de fluorescencia
• Uso de la potencia de la GPU para simulaciones en dinámica molecular
• Folding @ home (ejecutando GROMACS)
• Simulaciones de dinámica molecular con Ascalaph liquid

Presentaciones

Sesiones de la Conferencia sobre tecnología para la GPU

• Ponencia destacada: ciencia a alta velocidad , Hanspeter Pfister, Universidad de Harvard
• Dinámica molecular acelerada en la GPU con AMBER , Instituto de Investigación Scripps y Centro de Supercomputación de San Diego
• Visualización y análisis acelerados en la GPU en VMD , Universidad de Illinois en Urbana-Champaign
• Biofísica computacional y electrostática de largo alcance en las GPUs , NVIDIA
• Voluntarios del GPU Computing: Petaflops gratis , Universidad de California, Berkeley
• Uso de la GPU para la formación de cirujanos y la planificación de intervenciones , CSIRO
• Solvers acelerados en la GPU para EDOs empleadas en simulaciones de la membrana cardiaca , Universidad de California, San Diego
• Reconstrucción del cerebro: extracción de los circuitos neuronales con CUDA y MPI , Universidad de Harvard
• Visión computarizada basada en modelos biológicos: una fórmula de alta velocidad , MIT
• Simulación a gran escala de CDC en el retículo con un cluster de GPUs , Universidad Nacional de Taiwán

Presentaciones de SC09

• Introducción al soporte de NVIDIA CUDA en AMBER: lecciones aprendidas, capacidades adquiridas , Ross Walker, Universidad de California San Diego, Centro de Supercomputación de San Diego
• Aprovechamiento de la velocidad de la GPU para acelerar la simulación de partículas en LAMMPS , Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Aceleración de aplicaciones de modelado molecular con cálculo en la GPU , John Stone, Instituto Beckman de Ciencia y Tecnología Avanzada de la Universidad de Illinois en Urbana Champaign

• Química computacional
• Generación de imágenes médicas
• Bioinformática y biociencias
• Aceleración de MATLAB

• Otras soluciones sectoriales Tesla
• Librerías y herramientas de desarrollo de software para CUDA