La aceleración de AMBER 11 en la GPU proporciona supercomputación de sobremesa para la investigación científica

 
 

Los científicos dispondrán ahora de 100 veces más velocidad de cálculo para acelerar el descubrimiento de nuevos fármacos

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SANTA CLARA, California —29 de abril de 2010—El laborioso proceso que conlleva el descubrimiento de nuevos medicamentos ahora puede acelerarse gracias a la publicación de AMBER 11, una herramienta de software que permitirá a los científicos convertir sus PC de sobremesa en superordenadores. 

AMBER 11, la última versión de una de las aplicaciones más utilizadas por los investigadores en el campo de la dinámica molecular, se ha optimizado para su ejecución en las unidades de procesamiento gráfico (GPU) NVIDIA®, que multiplican por 100 la velocidad de esta herramienta en comparación con los servidores tradicionales basados en CPU. La GPU proporciona a las estaciones de trabajo un rendimiento que antes sólo podía obtenerse en un superordenador, lo que se traduce en un aumento inmediato de la productividad, ya que los científicos no tienen que esperar turno para utilizar las supercomputadoras o los clusters de servidores departamentales compartidos.

Así lo asegura el Dr. Ross Walker, catedrático de investigación del Centro de Supercomputación de San Diego de la Universidad de California y una de las figuras que más han contribuido al desarrollo de AMBER: “El recurso de supercomputación que utilizamos está constantemente ocupado y esto nos obliga a esperar uno o varios días para ejecutar una simulación, lo que representa un retraso de semanas para nuestros proyectos de investigación” .

AMBER 11 se ha diseñado para aprovechar la potencia de las GPU NVIDIA Tesla™ de la serie 20, que utilizan la arquitectura de procesamiento paralelo masivo CUDA™ para responder a las necesidades concretas de las aplicaciones de alta computación. En las primeras pruebas realizadas con la comunidad de usuarios de AMBER, el Dr. Walker recibió una docena de informes que indicaban haber registrado hasta 30 veces más velocidad en una serie de simulaciones biomoleculares.

“Con las GPU, ahora podemos hacer la mayor parte del trabajo en nuestro PC y eso lo cambia todo. Cualquier departamento de investigación que tenga pensado invertir en recursos de cálculo para ejecutar AMBER, debería empezar por equipar a los investigadores con estaciones de trabajo aptas para computación en la GPU”, añade Walker.

El Dr. Walker señala que una sola GPU Tesla proporciona tanta capacidad de procesamiento como un cluster de 512 GPU al simular un nanosegundo de vida de un nucleosoma de 25.000 átomos en solvente implícito. En una simulación más simple realizada con solvente explícito, como la del índice JAC, ha observado que una GPU Tesla proporciona una capacidad de procesamiento equivalente a 48 núcleos del superordenador NSF Ranger.

Según explica Andrew Cresci, director general de marketing vertical en NVIDIA, “Este extraordinario aumento del rendimiento abre nuevos caminos para la ciencia y el trabajo que hemos realizado con el Dr. Walker es uno de ellos. Con AMBER 11, los científicos pueden probar más teorías y simular muchos escenarios diferentes gracias a la velocidad que proporcionan las GPU pero, sobre todo, a la facilidad de acceso a estaciones basadas en GPU”.

Puede encontrar más información sobre AMBER 11 aquí. Para obtener más información sobre la iniciativa Tesla Bio Workbench de NVIDIA (uno de cuyos componentes es AMBER), destinada a ofrecer a investigadores de campos como la biofísica o la química computacional las herramientas para acelerar sus trabajo a través de la GPU, visite estas páginas.

NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) mostró al mundo el potencial del chip gráfico con la invención de la unidad de procesamiento gráfico (GPU) en 1999. Desde entonces, no ha dejado de establecer nuevos estándares en el ámbito de la visualización computacional con asombrosas soluciones gráficas interactivas disponibles en dispositivos que abarcan desde tabletas gráficas y reproductores multimedia a PC portátiles o estaciones de trabajo. La experiencia de NVIDIA en el mercado de las GPU programables ha dado lugar a extraordinarios hitos en el campo del procesamiento paralelo que han transformado la supercomputación en algo asequible y accesible para todos. La compañía es propietaria de más de 1100 patentes en EE.UU., algunas de las cuales proporcionan diseños y conceptos esenciales para la informática actual. Para obtener más información, visite www.nvidia.es.

Algunas afirmaciones hechas en esta nota de prensa, incluidas (aunque no de forma exclusiva) las que se refieren a: las GPU NVIDIA Tesla, la arquitectura CUDA y Amber 11, son expectativas de futuro sujetas a riesgos e incertidumbres que podrían materializarse de forma distinta a lo esperado. Entre los factores que podrían provocar unos resultados distintos a los esperados se incluyen: el desarrollo de una tecnología más rápida o eficiente, los posibles defectos de diseño, fabricación o software, el impacto del desarrollo tecnológico y la competencia, los cambios en la demanda y las preferencias del mercado, la adopción de otros estándares o de los productos de la competencia por parte de los clientes, los cambios en los estándares y las interfaces del sector, la pérdida inesperada de rendimiento de nuestros productos o tecnologías cuando se integren en los sistemas y otros factores publicados de forma regular por NVIDIA en informes que se hallan en poder de la comisión del mercado de valores de Estados Unidos (Securities and Exchange Commission). Las copias de tales informes están disponibles en las páginas web de NVIDIA y pueden consultarse sin coste alguno. Las afirmaciones aquí realizadas no garantizan resultados futuros y sólo tienen vigencia a fecha de hoy. Salvo que la ley disponga lo contrario, NVIDIA no tiene obligación alguna de actualizarlas para reflejar acontecimientos o circunstancias que puedan producirse en el futuro.

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