CUDA en acción

CUDA + Investigación

Extraordinaria aceleración de las simulaciones de virus

		Los virus, causantes de numerosas enfermedades, son los organismos más pequeños que produce la naturaleza. Debido a su simplicidad y su pequeño tamaño, los biólogos eligieron un virus para su primer intento de simular una forma de vida completa a través de un sistema informático y para ello seleccionaron uno de los más pequeños del planeta, el virus satélite del mosaico del tabaco. El proyecto consistió en simular el virus en una gota de agua salada utilizando un programa de dinámica molecular llamado NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) desarrollado por la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
imagen del virus del mosaico del tabaco (STM) que muestra la cápside protectora de su genoma.	configuración icosaédrica de la cápside del virus STM.

El rendimiento de NAMD se ha multiplicado por 12 al acelerar la aplicación con CUDA™ en un cluster de GPUs instalado en el Centro Nacional de Aplicaciones de Supercomputación (NCSA), lo que ha proporcionado un incremento de la velocidad de hasta 330 veces con respecto al uso de la CPU. Los investigadores contemplan este avance con optimismo ya que consideran que ayudará a la medicina moderna a comprender mejor las enfermedades virales y tratarlas con más eficacia.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

grupos de iones (naranja) de enlace del genoma viral, localizados mediante un programa acelerado con CUDA.