Química computacional
Hay varios proyectos en marcha encaminados a acelerar códigos de química cuántica utilizando GPUs con CUDA, lo que incluye trabajos con Gaussian y GAMESS. Los gráficos siguientes muestran los resultados más representativos, seguidos de enlaces con aplicaciones y publicaciones técnicas relativas al uso de CUDA en química computacional.
La aparición de NVIDIA Tesla Bio Workbench proporciona a biofísicos y químicos computacionales las herramientas necesarias para abrir nuevas fronteras en la investigación bioquímica, optimizar los flujos de trabajo y acelerar el ritmo de la investigación científica. Más información.
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| Cálculos SCF (Self-Consistent Field) directos Ufimtsev y Martinez |
Evaluación de integrales de dos electrones Koji Yasuda |
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Descarga de aplicaciones de dinámica molecular para CUDA
- Información sobre la aceleración de código en la GPU VMD
- NAMD 2.7 Beta 2 con aceleración CUDA
- HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
- Librería OpenMM para acelerar aplicaciones de dinámica molecular en la GPU
- GROMACS con OpenMM
- Puerto CUDA de AMBER
- LAMMPS para GPU
- TeraChem: primer código de química cuántica escrito enteramente para GPUs CUDA
- ACE-MD
- MDGPU
- GPUGrid.net
- BigDFT : código de estructuras electrónicas basado en DFT (Teoría del funcional de la densidad) -- Artículo en PDF
- PC GAMESS en CUDA
- Trabajo de Todd Martinez sobre química cuántica en las GPUs
- Q-Chem en CUDA
- Implementación del método PME (Particle-Mesh Ewald) en la GPU
- Evaluación de integrales de dos electrones en la GPU
- Aceleración del método de orbitales frontera (FMO) con CUDA
- Publicaciones sobre NAMD y VMD
- Dinámica molecular en una red distribuida (grid) de GPUs
Sesiones de la Conferencia sobre Tecnología para la GPU
- Ponencia: ciencia a alta velocidad , Hanspeter Pfister, Universidad de Harvard
- Dinámica molecular acelerada en la GPU con AMBER, Instituto de Investigación Scripps y Centro de Supercomputación de San Diego
- Visualización y análisis acelerados en la GPU en VMD, Universidad de Illinois en Urbana-Champaign
- Biofísica computacional y electrostática de largo alcance en las GPUs, NVIDIA
- Voluntarios del GPU Computing: Petaflops gratis, Universidad de California, Berkeley
- Uso de la GPU para la formación de cirujanos y la planificación de intervenciones, CSIRO
- Solvers acelerados en la GPU para EDOs empleadas en simulaciones de la membrana cardiaca, Universidad de California, San Diego
- Reconstrucción del cerebro: extracción de los circuitos neuronales con CUDA y MPI, Universidad de Harvard
- Visión computarizada basada en modelos biológicos: una fórmula de alta velocidad, MIT
- Simulación a gran escala de CDC en el retículo con un cluster de GPUs, Universidad Nacional de Taiwán
- Introducción al soporte de NVIDIA CUDA en AMBER: lecciones aprendidas, capacidades adquiridas, Ross Walker, Universidad de California San Diego, Centro de Supercomputación de San Diego
- Aprovechamiento de la velocidad de la GPU para acelerar la simulación de partículas en LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
- Aceleración de aplicaciones de modelado molecular con cálculo en la GPU, John Stone, Instituto Beckman de Ciencia y Tecnología Avanzada de la Universidad de Illinois en Urbana Champaign
- Otras soluciones sectoriales basadas en Tesla
- Librerías y herramientas de desarrollo de software para CUDA
