Para la secuencia y el acoplamiento de proteínas se requieren procesos informáticos muy intensos, por lo que es muy ventajoso el uso de GPU compatibles con CUDA. En la actualidad ya se utilizan GPU para el trabajo con códigos de bioinformática y ciencias de la vida.

La aparición de NVIDIA Tesla Bio Workbench proporciona a biofísicos y químicos computacionales las herramientas necesarias para abrir nuevas fronteras en la investigación bioquímica, optimizar los flujos de trabajo y acelerar el ritmo de la investigación científica. Más información.

BGI acelera el análisis del genoma con las GPU
Averigua cómo se han utilizado las GPU NVIDIA Tesla en el Instituto de Genómica de Pekín (BGI) para acelerar la secuenciación del ADN.

Lee otros casos de éxito.

Aceleración de HMMER mediante GPU Informática escalable	MUMmerGPU: Alto rendimiento en el alineamiento de secuencias de ADN con el uso de GPU Schatz, et al

Principales desarrolladores y aplicaciones de bioinformática que utilizan CUDA

*Mejora esperada de la velocidad con respecto a un sistema basado en una CPU x64 de cuatro núcleos. Cifra obtenida de las pruebas internas de NVIDIA o de la documentación suministrada por el proveedor de la aplicación.

Software de bioinformática con CUDA

• MUMmerGPU: alto rendimiento en el alineamiento de secuencias de ADN con CUDA
• Código de Smith-Waterman para GPUs
• Implementación en CUDA del algoritmo de Smith-Waterman
• ClustalW en CUDA: alineación de múltiples secuencias con CUDA
• Folding @ home utilizando GPU con CUDA
• LISSOM: modelo de neocórtex humano con el uso de CUDA
• AutoDock basado en CUDA de Silicon Informatics

Informes técnicos sobre el uso de CUDA en bioinformática

• Alineamiento de secuencias
• MUMmerGPU: alto rendimiento en el alineamiento de secuencias mediante GPU
• CUDASW++: búsquedas en bases de datos de secuencias mediante el algoritmo Smith-Waterman
• Alineamiento de secuencias con el algoritmo Smith-Waterman mediante CUDA
• Artículos sobre bioinformática y CUDA
• Infernal-GPU: alineamiento de ARN acelerado con CUDA , Infernal (INFERence of RNA Alignment)
• Alineamiento de secuencias SWAMP
• CMatch: rápido alineamiento de secuencias proteínicas y genómicas

• Acoplamiento
• Acoplamiento de proteínas en 3D
• Aceleración de PIPER con CUDA
• Tareas de acoplamiento de proteínas en la Universidad de Wisconsin y vídeo de entrevista con David Dynerman
• Jack Collins del National Cancer Institute habla acerca de la informática con GPU
• Canal de cálculo de alto rendimiento para el análisis de datos metagenómicos
• MrBayes en la GPU
• Algoritmo de simulación estocástica (SSA) para sistemas biológicos
• Modelos computacionales independientes de la corteza visual humana
• Herramienta de chips de ADN para el ensayo de expresión genómica mediante el cálculo de distancia euclidiana de elementos pareados en GPU

Aceleración por CUDA de relaciones verticales

• Imágenes para medicina
• Dinámica molecular
• Química computacional
• Aceleración de MATLAB

Ver también

• Otras soluciones Tesla sectoriales
• Librerías y herramientas de desarrollo de software CUDA